是的，ETC扣款失败后，系统通常会进行自动补扣。但是，这取决于你办理的具体银行或机构的规定和操作方式。有些情况下，如果连续多次扣款失败，系统可能会暂时冻结你的通行权限，直到问题得到解决。所以，建议你及时查看账户余额并处理任何可能导致扣款失败的问题，以确保顺畅通行。