是的，根据交管部门的规定，通过“12123”APP进行交通违法处理并缴纳罚款后，相应的扣分就会自动消除。但是需要注意的是，这个操作需要在违章处罚决定书上的15天内完成，否则会产生滞纳金。另外，如果在一个记分周期内累计扣分达到12分的，除了需要缴纳罚款外，还需要参加道路交通安全法律、法规和相关知识的学习和考试。