是的，对摩托车有一定的损害。当摩托车的油箱完全耗尽时，发动机将无法正常运行并可能导致严重的机械损坏。此外，长时间不使用或没有油可能会导致油泥和沉积物的形成，这可能会堵塞喷油嘴和其他关键部件，从而进一步破坏发动机的性能。因此，定期给摩托车加油并保持适当的油量是非常重要的以保持其良好的运行状态。