林肯航海家百周年限量版的车内布局同样维持原样，整车运用林肯品牌最新的家族设计风格，相比进口版本车型要年轻时尚许多。车内采用大量皮质面料包裹，实际触感柔软，细节处加入钢琴烤漆饰板，银色饰条等装饰件作为点缀，体现出了不错的质感和层次感。国产车型的全液晶仪表盘在UI界面设计方面完成优化，显示效果不错，三幅式方向盘握感优良，配色也与内饰相搭配，给人以沉稳的感觉。同时新车中控台上匹配12.8英寸的悬浮式中控显示屏幕，内部加入百度智能车联系统。其反应速度以及显示效果都比较不错。此外，限量版车型还拥有专属的蓝色缝线，蓝色安全带和百周年专属铝饰条等元素。
林肯航海家百周年限量版车内座椅采用真皮面料包裹，功能方面提供前排座椅电动调节，前排座椅加热/通风，驾驶位电动座椅记忆等。座椅一直是林肯品牌引以为傲的部分，该款车型也很好地继承了这一传统，其中前排座椅兼顾支撑性和舒适性，支持多角度电动调节，不同身材的用户都可以找到一个相对舒适的坐姿。
该车采用常规5座布局，第2排座椅的材质运用和做工与前排保持相同水准，在体验过程中，其后排腿部空间达到两拳以上，头部空间剩余一拳左右。中间位置的舒适性同样不错，地台中央没有隆起，纵向空间宽裕，可以满足用户的中短途乘坐需求。